Moleküler Alerji testi ile Çapraz Reaksiyona neden olan karbonhidrat yapısındaki maddeler ortadan kaldırıldığı için daha doğru sonuç vermektedir.
Alerjiye neden olan bitkiler, ev tozu mite, evcil hayvanları ve besinlerden içindeki karbonhidrat yapısındaki bileşenler vardır. Bu bileşenler nedeniyle de alerjisi olmamasına rağmen içindeki karbonhidrat yapısındaki bileşenler nedeniyle alerjisi varmış gibi görünmektedir. Yaklaşık %25 civarında çapraz reaksiyon nedeniyle pozitif sonuç çıkmaktadır. Yani bazı maddelere alerjisi olmamasına rağmen içindeki karbonhidrat yapısındaki maddelerin bulunmasından dolayı alerjisi varmış gibi sonuç elde edilmektedir.
Moleküler alerji testi ile kanda çapraz reaksiyon nedeniyle yalancı olarak pozitif sonuç veren karbonhidrat yapısındaki bileşenleri temizleyerek yalancı alerjileri engellenmektedir. Bunun sonucu olarak gerçek alerjiler daha sağlıklı bir şekilde ortaya çıkarılmaktadır.
Ayrıca moleküler alerji testiyle alerjen içinde saptanan moleküller sayesinde gerçek bir alerji mi yoksa diğer alerjenlerden etkilenen bir molekül mü olduğu ortaya konulmaktadır.